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Amberによる生体高分子シミュレーション入門
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| Linuxコマンド表(PDFデータ) | ||
| 2.1 まずはAmberを使ってみる | ||
|---|---|---|
| 2.1.1 | 構造ファイルの準備 | |
| 2.1.2 | Amberの入力ファイルの作成と計算の実行 | |
| 分子力学計算によるエネルギー極小化計算 | ||
| 系の水和および中和 | ||
| 分子動力学計算の実行 | ||
| 2.1.3 | 計算結果の解析 | |
| 2.3 Amberで用意されていない分子の残基表現ファイルを作成する | ||
| 2.3.6 | リガンドの残基表現ファイルの作成(AM1-BCCの場合) | |
| 2.3.7 | リガンドの残基表現ファイルの作成(RESPの場合) | |
| 2.3.8 | residuegenコマンドによる修飾アミノ酸の残基表現ファイルの作成法 | |
| 2.4 タンパク質―リガンド複合体の分子動力学シミュレーション | ||
| 2.4 | タンパク質―リガンド複合体のMDシミュレーションの文書の資料 | |
| タンパク質―リガンド複合体のMD計算の計算結果例 | ||
| 補足(PDFデータ) | ||
| sanderによるエネルギー極小化計算 | ||
| ①計算の初期構造ファイル | ||
| ②条件設定ファイル | ||
| ③スクリプトファイル | ||
| ④出力ファイル | ||
| ⑤restrtファイル | ||
| ⑥mdcrdファイル | ||
| sanderによるMDシミュレーション | ||
| ①計算の初期構造ファイル | ||
| ②条件設定ファイル | ||
| ③スクリプトファイル | ||
| ④出力ファイル | ||
| ⑤restrtファイル | ||
| ⑥mdcrdファイル | ||