サイエンスハウスは最新の科学技術をお客様がよりよく活用できるように懸命に働きます。

ウンロード

download

Amberによる生体高分子シミュレーション入門

-------
Amber研究会 著
A5判207ページ 定価2,100円(本体価格2,000円)
ISBN978-4-86281-008-3 C3043
世界で最も標準的で広く使われている生体分子シミュレーションソフトウエア「全原子」分子動力学法の「Amber」。実践的シミュレーション技法に焦点を合わせて解説されている。(神戸大学 田中成典 教授による「はじめに」より)
-------
概要紹介(作成中)追補
ダウンロードされるデータはzip形式の圧縮データです。
Linuxコマンド表(PDFデータ)
2.1 まずはAmberを使ってみる
2.1.1構造ファイルの準備
2.1.2Amberの入力ファイルの作成と計算の実行
分子力学計算によるエネルギー極小化計算
系の水和および中和
分子動力学計算の実行
2.1.3計算結果の解析
2.3 Amberで用意されていない分子の残基表現ファイルを作成する
2.3.6リガンドの残基表現ファイルの作成(AM1-BCCの場合)
2.3.7リガンドの残基表現ファイルの作成(RESPの場合)
2.3.8residuegenコマンドによる修飾アミノ酸の残基表現ファイルの作成法
2.4 タンパク質―リガンド複合体の分子動力学シミュレーション
2.4タンパク質―リガンド複合体のMDシミュレーションの文書の資料
タンパク質―リガンド複合体のMD計算の計算結果例
補足(PDFデータ)
sanderによるエネルギー極小化計算
①計算の初期構造ファイル
②条件設定ファイル
③スクリプトファイル
④出力ファイル
⑤restrtファイル
⑥mdcrdファイル
sanderによるMDシミュレーション
①計算の初期構造ファイル
②条件設定ファイル
③スクリプトファイル
④出力ファイル
⑤restrtファイル
⑥mdcrdファイル
-----------------------